Acuerdo marco de homologación de proveedores para la contratación de servicios de secuenciación masiva para los diferentes proyectos de investigación del IRTA

Description

Acuerdo marco de homologación de proveedores para la contratación de servicios de secuenciación masiva para los diferentes proyectos de investigación del IRTA Lot 1: Amplicon Sequencing/Metabarcoding/Metataxonomy Amplicon Sequencing / Metabarcoding / Metataxonomy. Estudio de la diversidad microbiana en muestras de DNA de diferentes ambientes (estudio de la composición de su Microbioma para poder identificar la distribución de diferentes géneros y especies en diferentes muestras), mediante la secuenciación de uno o más genes específicos (16S rRNA para eubacterias y Arquees, y la región ITS para hongos, y 18S rRNA para protozoos, hongos y otros organismos eucariotas), compartidos por las diferentes especies de un mismo reino taxonómico, mediante la técnica de paired-end amplicon sequencing. Incluye el control de calidad de la muestra, la preparación de librerías masivas y su secuenciación masiva. Rendimiento de secuenciación de un mínimo de 30.000 lecturas R1 i R2 /muestra. Entrega de resultados con archivos crudos desmultiplexados (formato FASTQ) para cada muestra, y primero R1 y R2. Lot 2: ShotGun/Metagenomic ShotGun / Metagenomics. Secuenciación exhaustiva de todos los genes de todos los organismos vivos presentes en una muestra compleja. Este enfoque proporciona una visión global de la composición del microbioma más predominante ( bacterias, virus, hongos...), y también de sus propiedades funcionales ( unides al conjunto de genes secuenciados en cada muestra ). Incluye el control de calidad de la muestra, la preparación de librerías y la secuenciación de éstas. Con short-reads, rendimiento de secuenciación de un mínimo de 30 millones de lecturas en pair-end/muestra o un mínimo de 2x100 bp; con long-reads, rendimiento mínimo de 14x106 lecturas/muestra. Entrega de resultados con archivos crudos desmultiplexados ( formato FASTQ). Lot 3: Whole Genome Sequencing Whole Genome Sequencing. Secuenciación de genomes completos, incluyendo el control de calidad de la muestra, la preparación de librerías y la secuenciación de éstas mediante el método con short-reads o long-reads. Cobertura mínima de secuenciación 10x. Entrega de resultados con archivos crudos desmultiplexados (formato FASTQ). Lot 4: Transcriptòmica/RNA-Seq Transcriptómica / RNA-Seq. Secuenciación total del transcriptoma: RNA-seq, incluyendo el control de calidad de la muestra, la preparación de librerías y su secuenciación. Rendimiento de secuenciación de un mínimo de 30 millones de lecturas en pair-end/muestra (stranded RNA-seq) o un mínimo de 2x100 bp. Entrega de resultados con archivos crudos desmultiplexados (formato FASTQ).