ROCZNA, SUKCESYWNA DOSTAWA SPECJALISTYCZNYCH ODCZYNNIKÓW PRODUKOWANYCH PRZEZ FIRMĘ ILLUMINA NETHERLANDS BV ORAZ FIRMĘ 10 X GENOMICS Inc.

Description

1. Przedmiotem zamówienia jest roczna, sukcesywna dostawa przez Wykonawcę do siedziby Zamawiającego kompletnych zestawów specjalistycznych odczynników produkowanych przez firmy ILLUMINA NETHERLANDS BV i 10x Genomics, tj.:1) zestawów specjalistycznych odczynników do z sekwencjonowania RNA i DNA z wykorzystaniem platform: NovaSeq 6000 oraz NextSeq 550 produkowanych przez firmę ILLUMINA NETHERLANDS BV.Zestawy muszą umożliwiać sekwencjonowanie:• w technologii sekwencjonowania przez syntezę;• w zakresie analizy całych genomów, egzomów, transkryptomów, badania ekspresji genów oraz wykorzystania paneli celowanych;• dla platformy Novaseq 6000: o sekwencjonowanie w trybie odczytów pojedynczych (SR, ang. single reads) lub sparowanych (PE, ang. paired-end reads) o zmiennej długości, w zakresie co najmniej od 1x35 pz do 2x250 pz; sekwencjonowanie na płytkach sekwencyjnych o różnej pojemności, gwarantując maksymalną liczbę odczytów generowaną w jednym cyklu pracy urządzenia na jednej płytce co najmniej w zakresie od 600 milionów do 8 miliardów w trybie SR i od 1,3 miliarda do 16 miliardów w trybie PE;• dla platformy NextSeq 550:o sekwencjonowanie w trybie średniej przepustowości (do 39 Gb podczas jednego cyklu pracy) oraz wysokiej przepustowości (do 120 Gb podczas jednego cyklu pracy);o sekwencjonowanie w trybie SR i PR w zakresie długości odczytów co najmniej: 2x150 pz i 2x75 pz w trybie średniej przepustowości oraz 2x150 pz, 2x75 pz, 1x75 pz w trybie wysokiej przepustowości;o sekwencjonowanie w zakresie liczby uzyskiwanych odczytów co najmniej: 130 milionów pojedynczych odczytów i 260 milionów odczytów sparowanych w trybie średniej przepustowości i odpowiednio 400 milionów i 800 milionów w trybie wysokiej przepustowości.2) zestawów specjalistycznych odczynników do przygotowania bibliotek do sekwencjonowania następnej generacji produkowanych przez firmę ILLUMINA NETHERLANDS BV., tj. kompletnych zestawów umożliwiających przeprowadzenie analiz typu:• sekwencjonowanie amplikonów,• ChiP-seq,• sekwencjonowanie egzomów,• sekwencjonowanie całogenomowe,• sekwencjonowanie metylomu,• sekwencjonowanie transkryptomów,• sekwencjonowanie miRNA i krótkich RNA.3) zestawów specjalistycznych odczynników do analiz pojedynczych komórek oraz transkryptomiki i proteomiki przestrzennej produkowanych przez firmę 10x Genomics, Inc., tj. kompletnych zestawów odczynników umożliwiających:• analizę ekspresji genów (3’) na poziomie całego transkryptomu dla 100-1000 komórek i dla 500-10 000 komórek , • analizę dostępności chromatyny na poziomie pojedynczych komórek, analiz typu ATAC-seq (ang. Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),• multiomiczną analizę receptorów komórek B lub T (BCR/TCR), ekspresję białek powierzchniowych, identyfikację sgRNA (CRISPR), swoistość antygenową oraz ekspresję genów (5’) z poziomu pojedynczej komórki,• jednoczesną analizę ekspresji genów oraz dostępności chromatyny na poziomie pojedynczych komórek,• profilowanie transkryptomu z utrwalonych komórek z wykorzystaniem sond, • izolację jąder komórkowych,• przestrzenną analizę ekspresji genów. Lot 1: 1. Przedmiotem zamówienia jest roczna, sukcesywna dostawa przez Wykonawcę do siedziby Zamawiającego kompletnych zestawów specjalistycznych odczynników produkowanych przez firmy ILLUMINA NETHERLANDS BV i 10x Genomics, tj.: 1) zestawów specjalistycznych odczynników do z sekwencjonowania RNA i DNA z wykorzystaniem platform: NovaSeq 6000 oraz NextSeq 550 produkowanych przez firmę ILLUMINA NETHERLANDS BV. Zestawy muszą umożliwiać sekwencjonowanie: • w technologii sekwencjonowania przez syntezę; • w zakresie analizy całych genomów, egzomów, transkryptomów, badania ekspresji genów oraz wykorzystania paneli celowanych; • dla platformy Novaseq 6000: o sekwencjonowanie w trybie odczytów pojedynczych (SR, ang. single reads) lub sparowanych (PE, ang. paired-end reads) o zmiennej długości, w zakresie co najmniej od 1x35 pz do 2x250 pz; sekwencjonowanie na płytkach sekwencyjnych o różnej pojemności, gwarantując maksymalną liczbę odczytów generowaną w jednym cyklu pracy urządzenia na jednej płytce co najmniej w zakresie od 600 milionów do 8 miliardów w trybie SR i od 1,3 miliarda do 16 miliardów w trybie PE; • dla platformy NextSeq 550: o sekwencjonowanie w trybie średniej przepustowości (do 39 Gb podczas jednego cyklu pracy) oraz wysokiej przepustowości (do 120 Gb podczas jednego cyklu pracy); o sekwencjonowanie w trybie SR i PR w zakresie długości odczytów co najmniej: 2x150 pz i 2x75 pz w trybie średniej przepustowości oraz 2x150 pz, 2x75 pz, 1x75 pz w trybie wysokiej przepustowości; o sekwencjonowanie w zakresie liczby uzyskiwanych odczytów co najmniej: 130 milionów pojedynczych odczytów i 260 milionów odczytów sparowanych w trybie średniej przepustowości i odpowiednio 400 milionów i 800 milionów w trybie wysokiej przepustowości. 2) zestawów specjalistycznych odczynników do przygotowania bibliotek do sekwencjonowania następnej generacji produkowanych przez firmę ILLUMINA NETHERLANDS BV., tj. kompletnych zestawów umożliwiających przeprowadzenie analiz typu: • sekwencjonowanie amplikonów, • ChiP-seq, • sekwencjonowanie egzomów, • sekwencjonowanie całogenomowe, • sekwencjonowanie metylomu, • sekwencjonowanie transkryptomów, • sekwencjonowanie miRNA i krótkich RNA. 3) zestawów specjalistycznych odczynników do analiz pojedynczych komórek oraz transkryptomiki i proteomiki przestrzennej produkowanych przez firmę 10x Genomics, Inc., tj. kompletnych zestawów odczynników umożliwiających: • analizę ekspresji genów (3’) na poziomie całego transkryptomu dla 100-1000 komórek i dla 500-10 000 komórek , • analizę dostępności chromatyny na poziomie pojedynczych komórek, analiz typu ATAC-seq (ang. Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing), • multiomiczną analizę receptorów komórek B lub T (BCR/TCR), ekspresję białek powierzchniowych, identyfikację sgRNA (CRISPR), swoistość antygenową oraz ekspresję genów (5’) z poziomu pojedynczej komórki, • jednoczesną analizę ekspresji genów oraz dostępności chromatyny na poziomie pojedynczych komórek, • profilowanie transkryptomu z utrwalonych komórek z wykorzystaniem sond, • izolację jąder komórkowych, • przestrzenną analizę ekspresji genów.